Kościół w zespole klasztornym franciszkanów

Fundatorem kościoła i klasztoru był król Kazimierz Wielki. Powstał on w 1368 r. Świątynia była od początku murowana z kamienia w stylu gotyckim. Natomiast klasztor dla 12 zakonników był drewniany, dlatego stał się on w 1465 r. pastwą pożaru, który zniszczył również całe miasto. W czasie reformacji, w 1581 r. kościół został zajęty na 15 lat przez zwolenników skrajnego kalwinizmu, zwanych "braćmi polskimi" lub arianami. W odbudowie odzyskanego kościoła pomagał miecznik królewski, starosta chęciński i lelowski Stanisław z Ruszczy Branicki. Jemu franciszkanie zawdzięczają też rozbudowę kościoła, budowę murowanych korytarzy (krużganków) oraz osobnej barokowej kaplicy pod wezwaniem św. Leonarda, zwanej też kaplicą Branickich przy wschodnim krużganku. Odbudowany kościół i 5 ołtarzy konsekrował 8 maja 1628 r. biskup chełmski - Remigiusz Koniecpolski.

1 kwietnia 1657 r. wojska szwedzkie, siedmiogrodzkie i kozackie napadły na Chęciny i wyrządziły miastu wiele szkód, a w klasztorze zabiły trzech zakonników. Upamiętnia to marmurowa tablica, wmurowana w 1720 r. na krużgankach przy wejściu do kaplicy.

Przełom XVII i XVIII w. dla klasztoru był czasem kolejnej odbudowy i rozbudowy. W tym czasie starosta żarnowiecki, skalski i chęciński, Stefan Bidziński, dobudował murowane piętro nad krużgankami, co upamiętnia wmurowana na piętrze klatki schodowej przy wejściu na górny korytarz klasztoru marmurowa tablica. W połowie XVII w. wybudowano osobny piętrowy budynek od strony północnej kompleksu kościelno-klasztornego. Odbudowany kościół ponownie konsekrował 9 lipca 1685 r. Mikołaj Oborski, biskup pomocniczy z Krakowa.

Rada Administracyjna Królestwa Polskiego 11 listopada 1817 r. wydała w imieniu króla-cara Aleksandra I dekret o zabraniu franciszkanom kościoła i klasztoru oraz przeznaczeniu ich na więzienie. Zanim w kościele i klasztorze franciszkańskim urządzono więzienie, z kościoła usunięto wszelkie sprzęty liturgiczne w ten sposób, że przedmioty dające się przenieść w rękach (mniejsze obrazy, księgi, szaty liturgiczne), przeniesiono do kościoła Sióstr Klarysek. Natomiast przedmioty ciężkie (ołtarze, ambona, chór, organy) sprzedano na licytacji w dniach 14-15 września 1818 r. W kaplicy św. Leonarda pozostawiono wyposażenie, bo miała pełnić rolę kaplicy więziennej.

Przystosowanie kościoła i klasztoru do celów więziennych trwało kilka lat. W tym czasie urządzono zakład obróbki marmuru. Więzienie w franciszkańskich budynkach istniało przez 110 lat, do 30 listopada 1927 r. Po likwidacji więzienia budynki pozostały nadal w rękach państwowych i służyły różnym celom. Miał tu siedzibę sąd grodzki, a także szkoła. W czasie II wojny światowej zajmowało je wojsko niemieckie. Wtedy kaplica św. Leonarda miała jeszcze liturgiczne wyposażenie. Po II wojnie światowej mieściła się tu nadal szkoła podstawowa, a przez dwa lata także szkoła kamieniarska.

W latach sześćdziesiątych władze państwowe rozpoczęły odnowę budynków. Podczas tej renowacji usunięto barokowe wyposażenie kaplicy św. Leonarda. Ponadto odcięto i usunięto zabytkowy krzyż metalowy z kopuły kaplicy św. Leonarda i drugi ze szczytu kościoła. Ówczesne władze państwowe przekazały obiekt Wojewódzkiemu Przedsiębiorstwu Turystyczno-Krajoznawczemu "Łysogóry" w Kielcach. W budynkach klasztornych urządzono pomieszczenia hotelowe, w kościele restaurację, a w kaplicy św. Leonarda coctailbar, które działały do 21 marca 1991 r.

Odnowiony kościół został oddany do użytku liturgicznego 3 sierpnia 1997 r., gdy biskup kielecki Kazimierz Ryczan poświęcił go i nadał nowy tytuł: Podwyższenia Krzyża Świętego.